FOM-onderzoek vindt plaats op twee soorten locaties, in instituten en in onderzoeksgroepen aan universiteiten. Er zijn drie FOM-instituten, het FOM-Instituut voor Atoom- en Molecuulfysica (AMOLF) in Amsterdam, het FOM-Instituut voor Plasmafysica Rijnhuizen in Nieuwegein en het FOM-Instituut voor Subatomaire Fysica in Amsterdam. Dit laatste instituut is ingebracht in het samenwerkingsverband van het Nationaal Instituut voor Kernfysica en Hoge-energiefysica (NIKHEF). De FOM-instituten onderscheiden zich van de rest van FOM doordat FOM ook de infrastructuur verzorgt. Daarom bezitten die instituten een eigen technische staf, werkplaatsen en dergelijke.
Meer informatie over de instituten vindt u op de pagina van het betreffende instituut en op de eigen website van het instituut.